Der Entscheid fiel mit 123 zu 40 Stimmen, wobei die Fraktionen grösstenteils nicht geschlossen stimmten. Die Mehrheit der Kantonsrätinnen und -räte argumentierte, dass die Landeskirchen weiterhin über Unternehmenssteuern unterstützt werden sollten, weil sie einen wichtigen Beitrag zur Gemeinschaft leisten würden.
Das Zürcher Stimmvolk wird im Laufe dieses Jahres aber nur über die Initiative abstimmen. Einen Gegenvorschlag zum jungfreisinnigen Volksbegehren wird es nicht geben. Zwar standen zwei Gegenvorschläge zur Debatte, mit 109 zu 58 Stimmen beschloss der Kantonsrat aber, gar nicht auf diese einzutreten.
Beide Gegenvorschläge wollten die Kirchensteuer für Unternehmen freiwillig machen – der eine mit, der andere ohne Übergangsfrist. Eine Mehrheit des Parlaments fand es aber nicht sinnvoll, das Zahlen von Steuern quasi freiwillig zu machen. Weil wahrscheinlich ohnehin die meisten Unternehmen die Zahlungen an die Kirchen einstellen würden, sei das Anliegen der Jungfreisinnigen dann auch erfüllt.
Im Jahr 2011 zahlten die Zürcher Unternehmen insgesamt 2,2 Milliarden Franken Steuern. Davon waren 106 Millionen Kirchensteuern. Die Jungfreisinnigen sehen in den Unternehmens-Kirchensteuern eine Verletzung der Religionsneutralität des Kantons. Vor allem geht es ihnen aber um möglichst tiefe Steuern für Unternehmen.