Als Quereinsteigerin 2000 zum TVZ gestossen, übernahm die Baslerin 2004 die Leitung von Niklaus Peter, der als Pfarrer ans Fraumünster berufen wurde. Während ihrer Zeit als Leiterin des TVZ erschien 2007 die Neuübersetzung der Zürcher Bibel. Damit fand die Übertragung biblischer Texte in der Tradition Zwinglis wieder eine zeitgemässe sprachliche Form.
Marianne Stauffacher verantwortete 2005 auch die Erweiterung des TVZ um einen katholischen Verlagsteil, den ursprünglichen NZN-Buchverlag, der als «Edition NZN bei TVZ» integriert wurde und aus dem traditionell reformierten einen ökumenischen Verlag machte. In ihrer offenen und konstruktiven Art hat sie den Verlag stark geprägt.