Die Kritikpunkte sind bei beiden Landeskirchen ähnlich. Sie sehen ihre Unabhängigkeit und die synodale Organisationsform des Kirchenbundes sowie das Prinzip der Subsidiarität bei Entscheidungen gefährdet. Ausserdem bewerten sie die Einrichtung eines starken, zentralen geistlichen Leitungsamtes als negativ, weil dies nicht der reformierten Tradition entspreche und damit das gemeinschaftliche Element in der Führungsstruktur geschwächt werde.
Grundsätzlich wird eine stärkere Einheit der Kantonalkirchen durchaus begrüsst, wie sie im SEK-Modell einer «Evangelischen Kirche Schweiz» (EKS) zum Ausdruck kommt. Die Kirchenvertreter möchten jedoch in die Gestaltung dieser neuen Organisationsform stärker eingebunden werden.
Der Aargauer Kirchenrat sieht ausserdem Mängel beim neuen dualen Leitungsmodell, nach dem die «Evangelische Kirche Schweiz» mit Synode, Rat und Präsidium neben einem zivilrechtlichen Verein mit Vorstand und Vereinsversammlung bestehen soll, und erachtet auch die geplante neue Wahlperiode von sechs Jahren als zu lang.