Die Reformierten sind nicht nur in der Schweiz stark föderalistisch und basisdemokratisch organisiert. Die wichtigsten Einheiten sind Kirchgemeinde und Kantonalkirche.

Über den Kantonalkirchen gibt es zwar einige Zusammenschlüsse, zum Beispiel den Schweizerischen Evangelischen Kirchenbund (SEK), dem sämtliche Kantonalkirchen angehören. Kompetenzen und Finanzen allerdings liegen in den Händen der Kantonalkirchen und der Kirchgemeinden.

Die Reformierten haben sich übernational im Reformierten Weltbund zusammengeschlossen. Die Geschäftsstelle befindet sich in Genf. Eine weitere übernationale Vereinigung ist der Reformierte Ökumenische Rat. Sein Sitz ist ebenfalls in Genf. Der Reformierte Weltbund und der Ökumenische Rat haben sich im Juni 2010 zur Weltgemeinschaft Reformierter Kirchen zusammengeschlossen.

Wichtige gemeinsame Werke der Schweizer Reformierten sind das Hilfswerk der Evangelischen Kirchen Schweiz Heks, das evangelische Missionswerk Mission 21 sowie der Entwicklungsdienst Brot für alle.

Die Evangelischen Frauen Schweiz (EFS) vertreten als Dachverband von Frauenverbänden und Einzelmitgliedern die Interessen von rund 40000 Frauen.

In der Schweiz gibt es zudem verschiedene Schulen mit evangelischem Hintergrund, zum Beispiel das 1869 gegründete «Evangelische Lehrerseminar Zürich, heute «unterstass.edu». Weitere Schulen mit evangelischen Wurzeln sind unter anderen die Evangelische Mittelschule Schiers, die Neue Mittelschule Bern, Campus Muristalden Bern, das Freie Gymnasium Zürich sowie die Freie Schule Winterthur.

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